Добрый день!
Цитата: К ценным бумагам ст. 143 ГК РФ отнесены облигации.Согласно ст. 816 ГК РФ и ст. 2 Федерального закона от 22.04.1996 N 39-ФЗ "О рынке ценных бумаг" облигацией признается ценная бумага, удостоверяющая право ее держателя на получение от лица, выпустившего облигацию, в предусмотренный ею срок номинальной стоимости облигации или иного имущественного эквивалента. Облигация предоставляет ее держателю также право на получение фиксированного в ней процента от номинальной стоимости облигации либо иные имущественные права.Налогообложение прибыли организаций при совершении операций с ценными бумагами осуществляется в порядке, установленном ст. 280 НК РФ, которым, в частности, определено, что расходы при реализации (или ином выбытии) ценных бумаг определяются исходя из цены приобретения ценной бумаги (включая расходы на ее приобретение), затрат на ее реализацию, размера скидок с расчетной стоимости инвестиционных паев, суммы накопленного процентного (купонного) дохода, уплаченной налогоплательщиком продавцу ценной бумаги.В соответствии со ст. 280 НК РФ налоговая база по операциям с ценными бумагами определяется на дату реализации или иного выбытия ценных бумаг.Из приведенного выше Минфин России в Письме от 03.06.2011 № 03-03-06/3/3 сделал вывод, что налогоплательщик не вправе учесть убытки, связанные с приобретением ценных бумаг, в том числе в виде безнадежной задолженности по облигации, в составе внереализационных расходов на основании пп. 2 п. 2 ст. 265 НК РФ.Учитывая, что ст. 280 НК РФ не предусмотрен порядок включения в расходы стоимости облигаций, задолженность по которым признана безнадежной, возможность учета таких расходов для целей налогообложения отсутствует.Аналогичная позиция содержится в Письме Минфина России от 01.03.2010 № 03-03-06/2/36.
Вообще в ст. 280 НК РФ есть правила и для ситуации ликвидации эмитента
Цитата:3. Расходы налогоплательщика при реализации или ином выбытии (в том числе при погашении или частичном погашении номинальной стоимости) ценных бумаг, в том числе инвестиционных паев паевого инвестиционного фонда, определяются исходя из цены приобретения ценной бумаги (включая расходы на ее приобретение), если иное не предусмотрено пунктом 10 статьи 309.1 или пунктом 2.2 статьи 277 настоящего Кодекса, затрат на ее реализацию, размера скидок с расчетной стоимости инвестиционных паев, суммы накопленного процентного (купонного) дохода, уплаченной налогоплательщиком продавцу ценной бумаги. При этом в расход не включаются суммы накопленного процентного (купонного) дохода, ранее учтенные при налогообложении.При определении расходов при реализации или ином выбытии (в том числе при погашении или частичном погашении номинальной стоимости) ценных бумаг, цена приобретения которых выражена в иностранной валюте (включая расходы на их приобретение), такая цена определяется по официальному курсу Центрального банка Российской Федерации, действовавшему на дату принятия указанной ценной бумаги к учету с учетом положений пункта 10 статьи 272 настоящего Кодекса.Расходы по реализации ценных бумаг определяются в соответствии с настоящим пунктом также в следующих случаях:ликвидация организации - эмитента ценных бумаг;
Т.е. ликвидация организации равнозначна иному выбытию ценных бумаг. И расходы на их приобретение можно учесть при формировании базы с учетом прочих правил ст. 280 НК РФ.